KeyChainファイルが壊れた？

CDからインストール→キーチェーン破損とのこと。CDってのがPantherのインストーラディスクからの上書きインストールのことであれば、私も同じように上書きでやってるので（もちろんバックアップは持っていますが）問題が発生しなかったのは幸運であったということか。ひょっとしてATOKのインストーラーのことかしら。
ちなみに、キーチェーンファイルは~/Library/KeyChain/以下に実体として保存されます。これがキーチェーンから使えていないならば、/アプリケーション/ユーティリティ/キーチェーンアクセスから、ファイル＞キーチェーンを追加…を実行して、ファイルを指定することで解消するのではないかと思います。ファイルの実行権限なども確認しておきましょう。キーチェーンの使用ユーザがファイルオーナーで、権限は-rw-r--r--です。
PantherでJaguarのキーチェーンファイルを読み込むと形式を変換する旨のダイアログがキーごとに現れますが、こちらでは問題なく使えています。
ちなみに、リムーバブルボリュームにあるキーチェーンを登録することなどもできるので、私は常に身に付けているUSBメモリにキーチェーンを移動し、iBookのHDDにはパスワードを保存しないような運用を行っています。