FileVaultで初期設定に戻るのは…

ふたたびFileVaultについてなどで言及されている「初期設定に戻る」件についてですが、これはFinderやDock、フォントに限っての話ではないでしょうか？
FileVaultでは確かにホームディレクトリの内容がseperseimageに暗号化されています。ですが、~/Libraryの一部はseperseimageの外側に配置されています。
この~/Libraryには、~/Fontsと~/Preferences/ByHostが含まれています。
ここから先は推測です。FileVaultを行う際にアプリケーションを終了させますが、このときに終了できなかった、または、解放できなかった.plistがseperseimageに入らなかったのではないでしょうか。そういえば、FileVault実行時でも壁紙はかわらなかったような…FileVaultで (?) いきなりトラブルでもあげられているiTunesなどは、ByHostにもプレファレンスがありますね。